Esa esperanza cambió rápidamente porque después de representar al Papa en la corte del emperador de Constantinopla y luego ser secretario del Papa Pelagio II, cuando éste muere en el año 596, Gregorio, que era en ese momento abad de su monasterio, fue elegido para ocupar su puesto.
Durante su pontificado de 14 años, Gregorio sirvió a los fieles en muchos aspectos pastorales. Su formación monástica le permitió mejorar la liturgia y la música de la iglesia. El canto gregoriano se nombró en su honor. Muchas de las oraciones recitadas en la Eucaristía se atribuyen al Papa Gregorio, por ejemplo, el Prefacio de Navidad y el Prefacio de Pascua y la Ascensión. También se le atribuye la colocación del “Padre Nuestro” en la Misa.
Los escritos y las enseñanzas papales de Gregorio fueron extremadamente influyentes. Se basan en su visión de la pastoral para satisfacer las necesidades espirituales y físicas de las personas. El Papa Gregorio reconstruyó iglesias en ruinas. Sus talentos eran espirituales, así como mitigados con la practicidad de lo cotidiano, y vivió sencillamente como un monje. Actualizó la educación del clero e hizo hincapié en la urgencia de predicar y vivir la Buena Nueva.
Ninguna otra persona en la historia de la iglesia aparte de San Benito hizo más para revertir la Edad Oscura, que Gregorio Magno. Un pequeño ejemplo de la solicitud pastoral de Gregorio fue su introducción de Biblias ilustradas con el fin de hacer la palabra de Dios accesible a los analfabetas.
Murió el 12 de marzo del 604, y fue enterrado en la basílica de San Pedro, con el epitafio “Consejero de Dios”. Fue canonizado por aclamación en el momento de su muerte. Él es patrono de los músicos y maestros.
