El último informe del Proyecto PAIS sobre la vigilancia de variantes covid comprendido entre el 1 de abril al 4 de julio, arrojó que de 278 muestras de la provincia de Santa Fe analizadas, el 80,6% (224) corresponde a la variante Gamma (Manaos), denominada como “de preocupación” por el consorcio de investigadores. Luego le sigue la variante Lambda (Andina), detectada en 33 muestras, y la variante Alpha (Reino Unido) encontrada en 16 de las muestras secuenciadas. Todas las muestras estudiadas corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros.
En el caso de las muestras de la variante Manaos detectadas en la provincia de Santa Fe durante el período de estudio, 102 pertenecen a la ciudad de Rosario, 15 a Cañada de Gómez, 12 a Rafaela, 11 a Funes y 11 a San Lorenzo, 9 a Puerto General San Martín, 8 a Roldán y 8 a ciudad de Santa Fe, 4 a Chabás, 4 a Santo Tomé, 3 a Casilda, 3 a Arequito, 3 a Villa Constitución, 2 a Capitán Bermúdez, 2 a Fray Luis Beltrán, 2 a Esperanza, 2 a Carcarañá, 2 a Correa, 2 a Firmat, 2 a Granadero Baigorria y 2 a San Cristóbal, un caso en San Justo, uno en Villa Gobernador Gálvez, uno en San Nicolás, uno en San Carlos, uno en Cayastá, uno en Felicia, uno en Calchaquí, uno en Arrufó, uno en Vera, uno en Reconquista, uno en Cayastacito, uno en Ceres, uno en Humboldt, uno en Pueblo Esther y uno en Venado Tuerto.
De los 33 casos detectados de la variante Lambda o Andina (variante de interés) sobre muestras de la provincia, 13 corresponden a Rosario, 5 a la ciudad de Santa Fe, 3 a Funes, 2 a Cañada de Gómez, 2 a San Lorenzo, uno a Casilda, uno a Capitán Bermúdez, uno a Fray Luis Beltrán, uno a San Justo, uno a Esperanza, uno a Vera, uno a Marcelino Escalada, y un caso no tiene localidad definida. Sobre los 16 casos secuenciados que pertenecen a la variante Alpha o Reino Unido (variante de preocupación), 6 corresponden a Rosario, 1 caso a Casilda, 1 a Funes, 1 a Roldán, y 1 a Puerto General San Martín. Además, se detectaron seis casos correspondientes a una sospecha de esta variante que corresponden a las localidades de Esperanza, San Cristóbal, Santo Tomé, Santa Fe (dos casos) y Gobernador Crespo.
Un caso de la localidad de San Justo fue confirmado como variante Zeta (linaje P.2, Rio de Janeiro), la variante Epsilon (linajes B.1.427/B.1.429, California) se encontró en forma individual en dos casos de Rosario.

En el país

A nivel país, la principal variante encontrada en las últimas semanas epidemiológicas es Gamma (Manaos), seguida por Lambda (Andina) y en menor medida, Alpha (Reino Unido); Zeta (Río de Janeiro) y Epsilon California), de forma esporádica. Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante Beta (linaje B.1.351, Sudáfrica), ni de la variante Delta (linaje B.1.617.2, India) en casos sin nexo epidemiológico con viajeros al exterior. Además de las muestras provenientes de la provincia de Santa Fe, se analizaron casos de Caba, provincia de Buenos Aires, Chaco, Córdoba, La Pampa y Neuquén. En total, fueron 965 las muestas secuenciadas. Desde el comienzo de la vigilancia activa de las variantes de SARS-CoV-2 realizada sobre un total de 3.203 muestras de Caba, provincia de Buenos Aires, Chaco, Córdoba, Neuquén, Santa Fe, Río Negro, Mendoza, San Luis y Entre Ríos (Reportes N°9 a 25) obtenidas entre el 26 de octubre del 2020 al 4 de julio de 2021 se logró determinar la presencia de cinco variantes de interés epidemiológico mundial en nuestro país: la variante Alpha (Linaje B.1.1.7, Reino Unido), la variante Gamma (linaje P.1, Manaos), la variante Lambda (linaje C.37, Andina), la variante Zeta (linaje P.2, Río de Janeiro) y la variante Epsilon (linajes B.1.427 y B.1.429, California).
Hasta el momento, la variante Alpha (Linaje linaje B.1.1.7, Reino Unido) fue identificada en un total de 266 casos, de los cuales 69 corresponden al presente reporte con muestras del periodo del 01-04 al 04-07. Esta variante ha sido detectada en la CABA y en las provincias de Buenos Aires, Chaco, Neuquén, Santa Fe, San Luis, Entre Ríos y Córdoba. Es importante destacar que se ha observado una disminución en la frecuencia de detección de la variante Alpha en las últimas semanas epidemiológicas. En particular, en el AMBA no se han detectado casos de esta variante en la última semana epidemiológica analizada (SE 26). En otras regiones con vigilancia continua, provincias de Santa Fe y Neuquén, se mantiene con frecuencias bajas (menores al 10%) o su detección es esporádica.
La variante Gamma (Linaje P.1, Manaos) fue identificada en un total de 1000 casos, de los cuales 601 corresponden a muestras analizadas en el presente reporte. Esta variante ha sido detectada en la CABA y en las provincias de Buenos Aires, Chaco, Mendoza, San Luis, Santa Fe, Entre Ríos, Córdoba y Neuquén. En las últimas semanas epidemiológicas, se ha observado un aumento en la frecuencia de detección de esta variante en las localidades o provincias analizadas. En particular, en la semana epidemiológica 26 (primera semana de julio) esta variante presentó frecuencias del 50% en la CABA y 72,4% en el GBA. Además, se observan valores mayores al 70% en el resto de las provincias analizadas, con excepción del interior de la PBA donde el porcentaje que varía según la localidad analizada. La variante Lambda (Linaje C.37, Andina) fue identificada en un total de 673 casos, de los cuales 261 corresponden a este reporte. Se ha observado una estabilización de la frecuencia de detección de esta variante en Caba y el Gran Buenos Aires en las semanas epidemiológicas analizadas. En particular, en la semana epidemiológica 26 (primera semana de julio) presentó frecuencias del 50% (CABA) y 27,6% (GBA). En el resto de las provincias analizadas esta variante se detecta de manera continua, pero con frecuencias menores a las observadas en el AMBA.